六世紀末、朝廷は仏教と融合した原始八幡と帰化人の勢力を利用するため、蘇我馬子のうしろだてで大和の大三輪（おおみわ）シャーマン大神比義（おおがのひぎ）を宇佐に移し、応神信仰を八幡に入れた。そしてひめ神と合体する。のち禰宜（ねぎ）の神として大帯廟（おおたちびょう）が成立し、神功皇后が祭神に加えられた。
「八幡」と書いて「はちまん」と読むのはウソで、正しくは「ヤハタ」と読む。「ヤハタの神」と呼ばれたのは八つの幡（はた）を祀ったとも伝えられている。これは、のぼり、旗、または織物といい、武神または工芸神をあらわしている。八幡の八は、数の多いことを意味し、幡の名称については、地域共同体を営んでいた氏族が、外来帰化人の秦氏系であったことからきた名称だとする説と、土着地域共同体（部落国家）の信仰が、古代の山畑農耕の祭祀儀礼によるところからきたという説もある。
八幡神が、武神としてあがめられたり、鉱工の神、海神、農耕の神、火の神などと雑多な尊崇をうけているが、それなりの理由が存在する。祭神が三体あることからも想像される通り、決して単純なものではなく、いろいろな性格をかねそなえた複合的な神である。発生、性格について異説がある神社であり、おそれ多いが、もっとも得体の知れない神である。
三神像についても本来国宝であるが、慶長の大津波によって文章などが流出したために残念であるが、重要文化財に降格している。
