戦国時代奈多氏は強大な勢力を有していた。
守護職大友氏は奈多氏と姻戚関係を結び、勢力を拡大した。
その最大の理由は奈多氏の有する鉄と海軍力であった。
奈多氏は宇佐姓で奈多宮の大宮司家である。従って宇佐宮の最大の神事である宇佐行幸会（ぎょうこうえ）によって両宮の関係は戦国時代まで続いたのである。武士の勢力が強大になるにつれて荘園（神領）は次第に圧迫されていった。特に戦国の世になると、自分の領地を守るために、自らの兵力を養うようになった。奈多氏が奈多城を築いて神兵を擁したのもそれである。
報恩寺の背後に奈多城が存在する。奈多城は広大な大地の上に築かれており、西側に三段程の平段と土塁がある。
南と西に掘跡がある。川に挟まれた天然の要塞となっている。
